Die Neuraltherapie nach Huneke besteht aus zwei Therapieprinzipien:

- Segmenttherapie
- Störfeldtherapie

Die Segmenttherapie, eine therapeutische Lokalanästhesie, besteht aus dem Einsatz von Lokalanästhetika in Form von Injektionen in der von der Krankheit betroffenen Körperregion, z. B. an und in Muskelverhärtungen, Knochenhautveränderungen, Bänder und Muskelansätze oder Nerven.

Störfelder können überall im Körper entstehen. Typische Störfelder sind Mandeln, Zustand nach Mandel-Operation, Nebenhöhlen, Zahn-Kiefer-Bereich und Narben aller Art. Durch Ausschaltung eines Störfeldes mittels Lokalanästhetika wird die schädigende Wirkung des Störfeldes auf den Organismus unterbrochen.